本发明提供了一种去除磁共振弥散张量成像噪声的方法和系统,其方法基于磁共振弥散加权成像模型和采样噪声的高斯分布性质,利用弥散加权图像的稀疏性,采用最大后验概率估计的方法直接由K空间数据获得每一个空间位置所对应的去噪后的弥散张量矩阵。本发明可以避免图像去噪的误差对弥散张量估计的影响,可以更有效地抑制弥散张量中的噪声,提高弥散张量的估计精度。