一种基于磁共振声辐射力成像的组织位移测量方法和系统,包括如下步骤:获取利用二维自旋回波序列同时施加聚焦超声所采集得到的图像;将图像中对像组织分为感兴趣区域和参考区域;分离出所述参考区域的组织相位图;对所述参考区域的组织相位图进行多项式模型拟合,求得多项式系数;利用所述多项式系数,进行内插,计算得所述感兴趣区域中组织的基线相位图;从采集图像中获取所述感兴趣区域的组织相位图;获得所述感兴趣区域组织的相位差;利用所述感兴趣区域组织的相位差得到所述感兴趣区域组织的位移。本发明对组织运动不敏感,能减小涡流及场不均匀引起误差,只需采集一次图像就可测量相位差,从而获得组织位移变化,加快了组织位移测量速度。