本发明提供了一种心脏磁共振实时电影成像的数据处理方法和系统。所述方法包括:获取选定的成像层面,读取所述成像层面的图像;获取所述图像上设置的参考线;获取所述参考线的信号轮廓随采集时间的动态变化图;从所述动态变化图中获取呼气末期开始和结束的时间区间;通过所述动态变化图计算所述时间区间内的左心室直径,并根据所述左心室直径确定舒张末期心脏相位和收缩末期心脏相位;提取所述舒张末期心脏相位和所述收缩末期心脏相位对应的图像并保存。采用本发明能提高数据处理速度。