本发明提供了一种磁共振温度成像方法及系统,该方法包括:基于高加速并行成像混叠控制方法,确定包含多个单激发脉冲的复合激发脉冲;在多个温度成像时刻,分别使用该复合激发脉冲同时激发多层成像区域,并分别采集该多层成像区域的混叠信号数据;根据该混叠信号数据,通过并行成像算法计算得到在该温度成像时刻各层该成像区域的磁共振图像数据;根据该温度成像时刻的每层该成像区域的磁共振图像数据,通过温度算法计算得到所述温度成像时刻的每层所述成像区域的温度图像数据;多个温度成像时刻包含一温度变化前的初始温度时刻,该温度图像数据包含温度变化后的该温度成像时刻相对于该初始温度时刻的温度差。本发明能够提高温度成像效率。