本发明涉及一种基于超声回波射频信号的组织位移估算方法和系统。所述方法,包括以下步骤:转换步骤,将整帧的超声回波射频信号转换为解析信号;划分步骤,将整帧的解析信号根据预设窗口长度进行分段,得到分段窗口数据段;积和步骤,对相邻的两帧信号,将对应分段窗口数据段进行一次无偏移的积和运算,得到目标复数;相位计算步骤,计算所述目标复数的相位;相对位移估算步骤,利用所述相位计算得到两帧信号间的相对位移。上述基于超声回波射频信号的组织位移估算方法,将整帧的超声回波射频信号一次转换为解析信号,极大的提高了计算速度,计算两帧信号的相对位移只需经过一次积和运算即可得到,减小了计算量,提高了计算效率,且复杂性低。